Dewan Eksekutif
| Rektor | Prof. Dr. H. Musahadi, M.Ag. |
| Wakil Rektor Bidang Akademik dan Pengembangan Kelembagaan | Prof. Dr. H. Imam Yahya, M.Ag |
| Wakil Rektor Bidang Administrasi Umum, Perencanaan, & Keuangan | Prof. Dr. H. Akhmad Arif Junaidi, M.Ag |
| Wakil Rektor Bidang Kemahasiswaan, Kerjasama, dan Alumni | Dr. Hj. Umul Baroroh, M.Ag |
| Plt. Kepala Biro Administrasi Umum, Perencanaan, dan Keuangan | Dr. H. M. Fatah, S. Ag., M.Ed |
| Biro Administrasi Akademik, Kemahasiswaan, dan Kerjasama | Dr. H. M. Fatah, S. Ag., M.Ed |
| Kepala Pusat Penjaminan Mutu | Dr. H. Saminanto, M. Sc. |
| Kepala Pusat Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat | Prof. Dr. H. Abdul Ghofur, M.Ag |
Pimpinan Fakultas dan Pascasarjana
| Dekan Fakultas Dakwah dan Komunikasi | Dr. H. Nasihun Amin, M.Ag |
| Derkan Fakultas Syariah dan Hukum | Dr. H. Tholkah, M.Ag. |
| Dekan Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan | Prof. Dr. H. Abdul Rohman, M.Ag. |
| Dekan Fakultas Ushuluddin & Humaniora | Dr. H. Mokh. Sya’roni, M.Ag |
| Dekan Fakultas Ekonomi & Bisnis Islam | Dr. H. Khoirul Anwar, M.Ag. |
| Dekan Fakultas Ilmu Sosial dan Politik | Prof. Dr. H. Moh Fauzi, M.Ag |
| Dekan Fakultas Psikologi dan Kesehatan | Prof. Dr. H. Baidi Bukhori, S.Ag., M.Si. |
| Dekan Fakultas Kedokteran | Dr. H. Sugeng Ibrahim, M. Biomed |
| Direktur Pascasarjana | Prof. Dr. H. Muhyar Fanani,M.Ag |
